I særlige separationsprojekter bruges vandbehandlingsmembranteknologi hovedsageligt til materialekoncentrering, farvespildevandsbehandling og proteinseparation i biofarmaceutiske produkter. Nanofiltreringsmembran- og elektrodialyseteknologier spiller en rolle i selektiv separation på disse områder, såsom nanofiltrering til adskillelse af stoffer med molekylvægtsforskelle og elektrodialyse for at håndtere syre- og alkaligenvinding. Nedstrøms oprensning i biofarmaceutiske produkter kræver ultrafiltrering og mikrofiltrering for at fjerne vira eller celleaffald for at sikre produktets renhed og sikkerhed.